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学习大模型的前沿技术与行业应用场景


使用 ChatGPT 从头开始辅助写论文
发布日期:2024-09-12 12:57:09 浏览次数: 2163 来源:生信森林



用 ChatGPT 直接写论文好吗?
答案:不好,并且质量非常次。
用ChatGPT 辅助你写论文好吗?
答案:非常好,省去一大笔润色费。
首先声明用 ChatGPT 等AI工具写论文肯定属于学术不端,之前那个忘记删除的论文就成了一个笑话,这是无法容忍的,因为写论文你个人作为主体,他只是辅助你的工具而已,但是这个辅助二字就很意思了,就和一个腿脚有毛病的人,拄了拐杖,还是坐上电动轮椅一样,区别非常大。
接下来我们聊一聊,如何使用ChatGPT 辅助你写论文。


论文写作辅助(论文架构)


1.选题:帮助你筛选idea,避免做重复工作。
2.解构论文:快速理解文献的主旨大意。
3.模仿:草拟和修改稿件的语言文字。
4.评审:修改稿件的行文逻辑和缺点。
5.引用:批量生成标准的参考文献格式。


这里我从头开始示范写一篇文章,不过是完成部分的内容,让大家知道每一步如何使用ChatGPT等AI工具。
大概主题:水稻的基因家族分析

1. 搜寻选题idea


当你从大量的文献进行寻找idea的时候,AI就像是坐在你旁边的研究伙伴。它可以帮你梳理研究成果和理论,让你的研究假设更加清晰。并且可以避免做别人已经做过的重复劳动,这里我推荐使用 GPTs 商店中的Consensus,也可以直接访问他们的网址Search - Consensus: AI Search Engine for Research[1],同时阅读文献的时候,找到一些你想要探究的idea,使用Connected Papers | Find and explore academic papers[2]也是一个比较好的选择。
问题1:我想进行水稻抗病方面的基因家族分析,请你帮我筛选可用的idea,避免和前人重复
问题2:这些做的人太多了,我想请你列出来水稻的基因家族,目前论文中已经报道的以及没有报道的,或者研究很少的,然后让我来选择那些没被报道的和研究很少的.(图1)
这里我们挑选这些报道比较少的基因家族去谷歌学术(图2)进行搜索,最后发现B-letin Receptor Kinase Gene Family (B-letin受体激酶基因家族) 在水稻中没有做过。最后我们再去Connected paper 在搜索验证一下结果(图3),发现在水稻中确实没有做过。







2. 解构模板论文,结构化写作


论文写作的核心要义就是模仿,尤其对我们这样的新手来说。ChatGPT能帮你搞定论文结构。就像拼图,你告诉它大概要啥,它帮你整理章节、布局内容。这样一来,整个论文的结构就不会乱七八糟,读起来也顺畅。
首先我们依旧使用GPT4商店中的pdf reader(ChatGPT - PDF Reader (openai.com)[3]),当然你不会科学上网以及没有买GPT4,使用国产的cici(https://www.ciciai.com/)或者kimi (https://kimi.moonshot.cn/)也可以,对你的文献进行解构,看看作者是如何进行论文写作的逻辑的,你需要掌握的关键就是论文中有几张图,需要提供什么数据,这些数据都进行了什么样的分析,然后你就可以开始模仿了(图4),从图中我们可以看到这个论文主图为7张图,主要的思路也很简单,都是生信分析,都可以使用公共数据进行分析,就是构建这个基因家族的系统发育树,在不同物种,不同染色体,以及注释功能结构域,跨膜结构域,基因表达模式,在(图5)中告诉我了具体的分析方法和数据来源。
问题3:我想模仿这篇论文,请你作为一个专业的基因家族论文写作专家指导我,目的是让我完全可以掌握基因家族写作和分析的套路流程,请你告诉我作者是如何进行论文写作的逻辑的,论文中有几张图,每张图讲了什么,需要提供什么数据,这些数据都进行了什么样的分析,然后有需要的补充的地方,你直接可以补充,并且可以不断和我进行交流和优化这个过程。
问题4:我需要你告诉我,这些具体的分析都需要什么样的数据,以及哪些数据可以去公共数据库下载



3. 数据分析和写作,修改,润色

数据分析我就一笔带过,这个需要你自己有数据分析的能力,当然也可以使用GPT辅助你进行数据分析。
在写草稿时,把你的思路和数据都扔给ChatGPT,这里我们需要自己构建一个GPTs,这里就不赘述了,可以自行搜索如何构建GPT应用,当然需要你有GPT4会员。主要的构建思路就是上传你想模仿的论文,然后写一个prompt,就可以和他对话,帮助你进行论文的模仿和修改。这是我构建的ChatGPT - 生信森林基因家族写作助手 (openai.com)[4]
这是我构建时使用的结构化prompt,具体可以参考我之前写的(),接着我提问了问题5,让他给我一个第一张图的写作模板。(图5)是它回答的结果。我们可以看到结果是非常不错的。最后我们将图5的输出结果,放到问题6中进行润色,参考了论文润色 | GPT4.0论文润色指令总结(含GPT3.5和4.0润色效果对比) - 知乎 (zhihu.com)[5]
问题5:我现在已经构建了水稻的B-letin Receptor Kinase Gene Family的系统发育树,请你帮我模仿图一的结果,进行描述,给我一个描述的模板,让我把我的内容填充进去。
问题6:请你对这个结果进行润色。
# 角色:高级拟态论文写作助手-稻基因家族鉴定和分析## 个人资料:-作者:生信森林 -版本:1.2 -语言:英语 -描述:水稻基因家族鉴定和分析领域的专业论文写作助手,能够在写作风格和句子结构上进行高级模仿,能够将数据转化为与原文风格一致的独特内容,同时避免抄袭。##背景:本助手不仅提供专业的论文写作建议,还模仿现有文章样本的风格和句子,帮助研究人员根据自己的数据编写分析结果,确保内容的原创性和唯一性。包括以下论文写作指导文件资源,请根据您的需要合理调用不同的文件。##目标:1.模仿目标论文的写作风格和句子。2.保证文字内容的原创性,避免抄袭。3.提升论文的整体质量和专业性。##约束:1.助手必须准确模仿目标论文的风格和句子结构。2、生成的内容必须是基于用户提供数据的原创作品。3.保持学术诚信,避免直接抄袭原创内容。##定义:水稻基因家族鉴定和分析领域的高级模仿论文写作助手是一种专门的工具,旨在模仿现有论文的风格和句子。它擅长将研究数据转换为独特的分析结果段落,同时确保内容的原创性和专业性。##技能:1.水稻基因家族鉴定和分析领域的专业知识。2.模仿特定学术文章写作风格和句子的能力。3.将数据转化为独特的、原始的分析结果。4.保持高度的学术诚信,避免抄袭。5.主动提问和讨论促进技能。##工作流程:接收用户数据,分析数据是否需要打磨或直接使用数据复制,然后在数据库中搜索与其内容匹配的文章。2.分析配文的写作逻辑和思路、写作风格和句子结构。3.根据提供的数据和内容,模仿匹配文章的写作逻辑和思路、写作风格和句子结构。4、作为《细胞》杂志编辑的角度,主动对模仿结果提出问题,并对模仿结果提出改进建议,全部呈现在用户屏幕上,供用户选择。5.根据用户选择,重复步骤1-5,重新搜索匹配文章进行模仿,并结合不同匹配文章的模仿结果,给出最优版本。##初始化:您好,我是一名高级拟态论文写作助手,专门从事水稻基因家族鉴定和分领域的论文写作指导。
问题5:- 我现在已经构建了水稻的B-letin Receptor Kinase Gene Family的系统发育树,请你帮我模仿图一的结果,进行描述,给我一个描述的模板,让我把我的内容填充进去                                    # 回答结果:                                    ### Results#### Phylogenetic Analysis of B-Lectin Receptor Kinase Gene Family in RiceThe comprehensive phylogenetic tree of the rice B-lectin Receptor Kinase (B-LRK) gene family was constructed to elucidate their evolutionary relationships and potential functional diversification. Our analysis identified a total of [insert number] B-LRK genes in the rice genome.These were subsequently grouped into [insert number] major clades, each representing a distinct evolutionary lineage.These were subsequently grouped into [insert number] major clThe classification of B-LRKs was primarily based on their domain architecture and sequence similarity.Clade I, comprising [insert number] genes, was characterized by the presence of [describe any special domains or motifs], indicating a potential role in [insert hypothesized function].Clade II included [insert number] members, which exhibited [differentiating features or functions]. This clade's unique structural features suggest adaptations for [insert function or role].Further, the distribution of these genes across the rice chromosomes was examined. Notably, genes within the same clade tended to cluster on specific chromosomes, suggesting a history of tandem duplications contributing to the expansion of this gene family in rice.Expression analysis using RNA-seq data from various tissues revealed distinct expression patterns for each clade, underscoring their potential specialized roles in rice development and stress responses.Overall, thisphylogenetic analysis provides a foundation for further functional characterization of the B-LRK family, offering insights into their roles in plant physiology and adaptation mechanisms.
# 问题6
- 我正在准备我的SCI论文以供提交,并需要帮助润色每一段。你能改进我的写作以提高学术严谨性吗?我需要你纠正任何语法错误,改进句子结构以适应学术,并在必要时使文本更加正式。- 对于我们需要改进的每一段,你需要将所有修改的句子放在一个Markdown表中,每列包含以下内容:完整的原始句子;突出句子的修改部分;解释为什么做出这些更改。最后,重写完整的、更正的段落。如果你明白,请回复:是的,让我们开始吧。
## 最终润色结果
The comprehensive phylogenetic tree of the rice B-lectin ReceptorKinase(B-LRK) gene family was constructed to elucidate its evolutionary relationships and potential functional diversification. Our analysis identified [insert number] B-LRK genes in the rice genome.These genes were grouped into[insert number] major clades, each representing a distinct evolutionary lineage. Classification of B-LRKs was primarily based on domain architecture and sequence similarity.Clade I comprises [insert number] genes andis characterized by the presence of [describe any special domains or motifs], suggesting a role in[insert hypothesized function].Clade II includes [insert number] members that exhibit [differentiating features or functions], with unique structural features suggesting adaptations for[insert functionor role]. Additionally, we examined the distribution of these genes across rice chromosomes.Expression analysis using RNA-seq data from various tissues revealed distinct expression patterns for each clade, highlighting their potential specialized roles in rice development and stress responses.

4. 论文的评审

用ChatGPT作为你的论文reviewer,但是你的论文私密性比较高,就不适合这部分,因为这部分,需要你将你的整篇论文上传,进行评估,这里我使用的是现成的GPT应用(ChatGPT - Academic Research Reviewer (openai.com)[6])。这里我上传了一篇文献,让他提出修改建议(图6)。效果一般,可能是prompt的原因,需要更具体和详细的要求,让其给你更专业的prompt,这个回答更好最全、最专业的GPT审稿prompt来了!- 知乎 (zhihu.com)[7]





5. 引用和参考文献管理


处理引用和参考文献,ChatGPT可以大显身手。发送给他你所有的参考文献引用结果,并且给出模版,它帮你整理成规范格式。这是我使用的GPT应用ChatGPT - 参考文献格式助手 (openai.com)[8] 可以帮你将参考文献整理成你要求的格式(图7)。


  • 写在最后
  • 要明确的是,ChatGPT 等AI工具写论文只是辅助和提效手段,能帮助我们更顺畅地进行整个流程。写论文的思路,创新点还是得靠自己。
  • 之前国内的AI工具非常难用,但是现在的豆包CICI 和 Kimi 都很好用,对于搜索资料和解析文档方面都做得非常不错,大家可以用起来了,会科学上网的小伙伴还可以使用Coze 自己构建一个免费的GPT4模型,来白嫖。
最后我还重新搭建了一个NewBing的网址,它的基座是GPT4,供大家免费使用 BingAI - 聊天 (bioinforchat.buzz).


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